1、申请商业贷款需要在用户办理过户之前审核贷款，而公积金贷款需要用户在办理过户之后审核贷款。商业贷款主要是向银行申请贷款，所以最后能否成功是由银行决定的，而因为公积金贷款更多的是由公积金管理中心审批，所以银行在中间起到的作用并不大。因为公积金贷款中间多了一个环节的原因，所以相对商业贷款来说审批时间也会延长20个工作日左右。
2、就目前官方规定来看，若贷款时间是5年以上的长期贷款，商业贷款的利率是4.9%左右，公积金贷款利率是3.25%左右。但因为银行目前的房贷资金不足，或者是借款人资质较差，所以可能会需要借款人在原有的商业贷款利率基础上再有所上浮。由此可以看出，公积金贷款要比商业贷款利率低很多。
3、商业贷款的资金来源主要是由银行放款，其资金主要是社会公众在银行内的存款，而公积金贷款的资金主要是由公积金缴费者缴纳的资金。因为资金的来源不同，所以两种贷款方式面临的贷款人群也不一样，商业贷款面向的人群会更广一些，是整个社会公众，而公积金贷款只面向缴纳了公积金的人群。
4、因为公积金贷款属于政府贴息的福利政策，所以对于贷款的额度有所限制，最高贷款额度不得超过70万元。而商业贷款额度则相对宽松很多，主要是根据借款人的还款能力来决定，某种程度上来说可以认为是没有上限的，一般最多可贷款房屋总价的80%左右。
